Waterpop wordt georganiseerd door de Stichting Waterpop Festival. Deze stichting telt momenteel dertien bestuursleden, allen op vrijwillige basis. Daarnaast zijn er ruim vierhonderd vrijwilligers actief tijdens Waterpop en de dagen ervoor en erna.
De belangrijkste inkomsten van de Stichting Waterpop Festival worden gevormd door de verkoop van consumptiebonnen en sponsoring.
